2005 yılında kurularak Avrupa’nın popüler charter havayolları arasına giren Türk menşeli havayolu şirketi Corendon Airlines'ta görev değişimi oldu. 2006 yılından itibaren Corendon Airlines’ta genel müdür yardımcılığı görevini sürdüren Batuğhan Karaer, genel müdür olarak atandı. Şu anda 43 ülkede 190 havalimanına uçan ve yılda 2,5 milyon yolcu taşıyan havayolunun kurucu ortağı ve genel müdürü olan Yıldıray Karaer ise görevini Batuğhan Karaer’e devrettikten sonra şirketin Yönetim Kurulu Başkanı olarak devam edecek.

Profesyonel iş hayatında Tepe Grubu, Club Dedeman A.Ş., CITY Hospital Sağlık Hizmetleri A.Ş. ve T.S.K. Güçlendirme Vakfı gibi kuruluşlarda üst düzey yöneticilik yapan Batuğhan Karaer aynı zamanda, Türkiye Özel Sektör Havacılık İşletmecileri Derneği (TÖSHİD) Denetim Kurulu üyeliğini ve Finans Derneği 2. Başkanlığı'nı da yürütmekte.