Cezaevinde düştükten sonra beyin kanaması geçirdiği belirtilen eski Jandarma Genel Komutanı Şener Eruygur, Eylül 2008'de Gülhane Askerî Tıp Akademisi'ne (GATA) kaldırılmış, ardından da tutuksuz yargılanmak üzere serbest bırakılmıştı. Geçtiğimiz ay internete düşen ses kaydı, kamuoyunda tartışmaya yol açmıştı. GATA Beyin Cerrahisi Servis Şefi Kd. Albay Nusret Demircan'la görüşen Mukaddes Hanım, eşiyle ilgili fikir alışverişinde bulunuyordu. Şener Eruygur'un tahliyesini anlatırken İstanbul Ağır Ceza Mahkemeleri'ni kastederek "12. ve 14. mahkemeler bizden" ifadesini kullanıyordu. Demircan'ın sözlerinden ise, Şener Eruygur'un ağır hasta olmadığı anlaşılıyordu. Demircan, istenirse taburcu, istenirse yatış verilebileceğini söylüyordu. Bir doktorun sarf ettiği 'bomboş yatıyor' ifadesi de Eruygur'a hiçbir tedavi uygulanmadığını gösteriyordu. GATA'da müşahede altında tutulan Eruygur'a ait ne bir kan testi ne de film olduğunu anlatan doktor, bunun Emekli Sandığı'na fatura edilirken sıkıntıya sebep olacağını, bir an evvel tedbir alınması gerektiğini vurguluyordu. Ortaya çıkan ses kaydında Eruygur'un GATA'da çekilmiş fotoğrafları da yer alıyordu. Yatağa bağlı ağır hasta olduğu düşünülen Eruygur, sivil kıyafetle hastane koridorunda yürürken görülüyordu. Ergenekon soruşturmasını yürüten savcılar, Tabip Albay Demircan'ı adliyeye çağırarak 23 Şubat'ta ifadesini almıştı. Emekli Orgeneral Şener Eruygur, Ümraniye'deki bir gecekonduda 27 el bombası bulunmasıyla başlayan Ergenekon soruşturmasının 6'ncı dalgasında gözaltına alınmıştı. 7 Temmuz 2008'de tutuklanan Eruygur, önce Metris Cezaevi'ne, ardından Kocaeli F Tipi Yüksek Güvenlikli Cezaevi'ne yerleştirilmişti. 17 Eylül 2008'de merdivenden düşerek beyin kanaması geçirdiği açıklandı. Kocaeli Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'ne kaldırılan Eruygur, yoğun bakım servisine alındı. Sağlık durumunu göz önüne alan soruşturma savcıları, Eruygur'un tahliye edilmesi için İstanbul Nöbetçi 9'uncu Ağır Ceza Mahkemesi'ne başvurdu. Savcılarının talebini değerlendiren nöbetçi mahkeme, 22 Eylül 2008 tarihinde Eruygur'u tutuksuz yargılanmak üzere tahliye etti.