Bakanlar Kurulu'ndaki değişiklik Milli Güvelik Kurulu üye yapısına da yansıdı. Devlet Bakanı ve Başbakan Yardımcısı Cemil Çiçek, İçişleri Bakanı Beşir Atalay, Milli Savunma Bakanı Vecdi Gönül Milli Güvenlik Kurulu'ndaki yerini de korudu. Dışişleri Bakanı olarak MGK'ya katılan Ali Babacan, Başbakan Yardımcısı ve Devlet Bakanı Kurul'daki görevini sürdürecek. Milli Güvenlik Kurulu yeni üyeleri ise şöyle : Başbakan Yardımcısı ve Devlet Bakanı Bülent Arınç, Adalet Bakanı Sadullah Ergin ve Dışişleri Bakanı Ahmet Davutoğlu. Açıklamalarıyla askerlerle sık sık karşıya gelen Bülent Arınç, TBMM Başkanlığı döneminde de TSK'nın üst komuta kademesiyle yıldızı barışmamıştı. Bülent Arınç'ın Meclis Başkanlığı'na seçilmesinden sonra TSK'nın üst komuta kademesinin kendisini ziyareti tarihe “4 dakikalık jet ziyaret” olarak geçmişti.