Derse şapka ile girdiği için sınıftan atılan Cerrahpaşa Tıp Fakültesi öğrencisi Zeynep Nur İncekara'nın şikayet dilekçesini değerlendiren YÖK, İstanbul Üniversitesi'ni bir yazı ile uyardı. Söz konusu yazıda disiplin suçu işlediği gerekçesiyle öğrencilerin dersten atılamayacağı ve yok sayılamayacağı belirtildi. Konunun basında yer alması üzerine YÖK Başkanı Prof. Dr. Yusuf Ziya Özcan'dan da açıklama geldi. Özcan, "Bu karar emsal teşkil edecek. Tüm üniversitelerde uygulanacak. Hiç kimsenin yaka paça dışarı atılmasını kabul edemeyiz." dedi. Klinik Mikrobiyoloji dersi öğretim üyesi Prof. Dr. Bekir Kocazeybek, geçen yıl şapkayla derse girdiği için Cerrahpaşa Tıp Fakültesi öğrencisi Zeynep Nur İncekara'yı dersten atmıştı. Edinilen bilgilere göre İncekara, rencide edildiğini ve eğitim hakkının engellendiğini belirterek hocayı dekanlığa şikayet etmişti. Ancak dekanlık, uygulamanın Kılık Kıyafet Yönetmeliği gereği olduğunu ifade ederek şikayeti geri çevirdi. Öğrenci, daha sonra Başbakanlık İnsan Hakları Başkanlığı'na başvurdu. Başkanlık YÖK'ten resmî bir yazı ile görüş istedi. YÖK, 8 Mart 2010 tarihli yazıda İstanbul Üniversitesi'nden gelen cevabı gönderdi. Yazıda adı geçen öğrencinin, Prof. Dr. Bekir Kocazeybek tarafından şapkalı olduğu gerekçesiyle 18 ve 24 Kasım 2009 tarihlerinde dersten çıkarıldığı' aktarılıyordu. Aynı yazıda, Kocazeybek'in Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Akademik Kurulu, rektör yardımcısı ile sözlü görüşmesi ve Fakülte Akademik Kurulu'nda 'öğrencilerin derse girmişse çıkartılamayacağı, öğretim üyesinin derse devam edeceği, gerekirse tutanak tutup dekanlığa durumu bildireceği' bilgisini edindiği aktarıldı. Bu gelişmelerin ardından öğrencilerin derslerine devam ettiği belirtildi. YÖK'e intikal eden bu olay Mart 2010'da basına da yansımıştı. YÖK, İstanbul Üniversitesi'nde bazı öğrencilerin derslere girdikleri halde yok yazıldıkları veya dışarı çıkarıldıkları şikayeti üzerine yeniden harekete geçti. Öğrencilere hocanın kendisinin 'derse almayarak veya çıkararak' ceza vermesinin doğru olmadığını ve hukuki prosedürlerin işletilmesi gerektiğini kaydeden YÖK, disiplin yönetmeliğine uymayan öğrencilerle ilgili tutanak tutulması gerektiğini bildirdi. Mevcut mevzuatı hatırlatan YÖK, tutanak sonrasında disiplin yönetmeliğine göre öğrenciler hakkında işlem yapılabileceğini belirtti. YÖK'ün bu yazısıyla üniversite hocası, başörtüsü dahil disiplin suçu işleyen öğrencileri dersten atamayacak veya geldiği halde yok yazamayacak. YÖK Başkanı Yusuf Ziya Özcan, Karadeniz Teknik Üniversitesi'nin yeni eğitim-öğretim yılı açılış töreninin ardından gazetecilerin konuyla ilgili sorularını cevapladı. Özcan, "Sorun doğrudan başörtüsü değil, zira öğrenci şapkalı. Hiçbir öğrencinin nedeni ne olursa olsun sınıftan çıkarılmasına karşıyız. Bunun prosedürü var. Tutanak tutarsınız, öğrenci de siz de imzalarsınız. Dışarıya çıkartmazsınız. Tutanağı işleme sokarsınız. Öğrenci bir daha yaparsa bir daha tutanak tutarsınız, ondan sonra cazai işlem yapılabilir." dedi. Başbakan Recep Tayyip Erdoğan ise Esenboğa Havalimanı'nda konuyla ilgili bir soru üzerine şu açıklamalarda bulundu: "YÖK bir bağımsız kuruldur. Kararını kendisi vermiş, benim herhangi bir açıklama yapmama gerek yok.''